Am 27. Dezember 1979 gewann er den ersten Wettkampf des neu eingeführten Weltcups in Cortina d’Ampezzo.
Bei den Skiflug-Weltmeisterschaften in Oberstdorf 1976 war er der erste Springer der jemals von allen fünf Sprungrichtern die Höchstnote 20.0 erhielt.
Von 1989 – 1992 war er Cheftrainer der österreichischen Nationalmannschaft.
Von 1993 - 2010 arbeitete Innauer für den österreichischen Skiverband als Nordischer Direktor, zuständig für den Skisprung und die Nordische Kombination.
Nach dem tödlichen Autounfall von Cheftrainer Alois Lipburger im Februar 2001 übernahm er das Traineramt noch einmal bis zum Ende der Saison.
Sein Sohn Mario ist ebenfalls Skispringer und gab sein Debut im Weltcup im Januar 2007.
Toni Innauer’s Autobiographie “Der kritische Punkt“ erschien 1992.